Výskumníci, ktorí sa venujú vedeckej integrite, našli v katalógu protilátok spoločnosti Thermo Fisher Scientific viac než 100 obrázkov, ktoré podľa nich nesú známky úprav. Zistenia sa týkajú materiálov, ktoré má katalóg používať ako ukážku kvality a výkonu predávaných protilátok, a znovu otvárajú dlhodobý problém ich spoľahlivosti v biologickom výskume.
Science sleuths uncover more than 100 suspicious images in Thermo Fisher antibody catalogue.
Dvojica autorov upozornenia zverejnila 28. mája online databázu so 127 „problematickými obrázkami“ spojenými s protilátkami tejto firmy. Podľa ich opisu ide o široké spektrum zásahov: od menších úprav, ktoré mali obrázky vylepšiť na pohľad, až po výraznejšie zmeny, pri ktorých už vznikajú otázky o vierohodnosti samotných dát.
Na prácu dohliadal Reese Richardson, metavedec z Northwestern University v Evanstone v štáte Illinois. Podľa článku ide o prvý známy prípad, keď sa podobné problémy vo väčšom rozsahu objavili nie v publikovaných vedeckých prácach, ale priamo v katalógu dodávateľa laboratórnych produktov.
To automaticky neznamená, že samotné protilátky sú chybné alebo nefunkčné. Práve v tom sa názory odborníkov rozchádzajú. Niektorí výskumníci sa pýtajú, či takéto materiály neukazujú na slabšie overovanie produktov. Iní tvrdia, že kríza spoľahlivosti protilátok je starší a širší problém, ktorý nemožno priamo vysvetliť úpravami obrázkov na firemnom webe.
Thermo Fisher reagoval tým, že vec berie vážne a spustil interné preverovanie. Komunikačný riaditeľ firmy Sandy Pound uviedol, že ak nebude k dispozícii pôvodný obrázok, spoločnosť v budúcnosti používateľov webu upozorní, že snímky protilátok mohli byť upravené kvôli prezentácii a zrozumiteľnosti.
Protilátky patria medzi základné nástroje biologických vied. Výskumníci ich používajú na rozpoznávanie a sledovanie konkrétnych proteínov v bunkách a vzorkách. Ak katalógové materiály skresľujú, ako dobre daný produkt funguje, pre laboratóriá to môže znamenať stratu času, peňazí aj neistotu pri interpretácii experimentov. Práve preto má spor presah ďaleko za hranice jednej firmy.
Podľa článku vedci upozorňujú na problémy s komerčnými protilátkami už desaťročia. Prieskum v časopise eLife z roku 2023, ktorý hodnotil 614 komerčných protilátok, zistil, že viac než polovica nefungovala tak, ako výrobca uvádzal. Nové podozrenia preto neprichádzajú do prázdneho priestoru, ale do oblasti, kde už dôvera dávnejšie utrpela.
Ako sa na problém prišlo
Impulz prišiel pomerne nenápadne. Molekulárny biológ Sholto David z Oxfordu, ktorý sa venuje aj otázkam výskumnej integrity, hľadal western bloty proteínu v konkrétnej bunkovej línii. V katalógu Thermo Fisher si všimol zvláštny obrázok: viaceré pásy na blote mali nápadne podobný „krivolaký“ tvar. Podľa neho vyzerali identicky, len boli prevrátené alebo otočené.
Snímka zobrazuje: Y-shaped biomolecules called antibodies are scientific workhorse tools that researchers use to bind to and track specific proteins. Credit: Nemes.
Pri western blote by sa rovnaký špecifický tvar nemal opakovane objavovať na viacerých miestach. David preto usúdil, že pásy mohli byť skopírované, presunuté a vložené inde. Na nález upozornil na sociálnych sieťach, no najprv si myslel, že môže ísť o ojedinelý prípad.
Po reakciách ďalších vedcov sa však začalo širšie preverovanie. Reese Richardson počas jediného týždňa našiel ďalších 105 zjavne upravených obrázkov. Niektoré obsahovali zdvojené proteínové pásy, pri viac než 20 boli podľa jeho hodnotenia pozadia ručne „domalované“, aby zakryli šmuhy alebo nedokonalosti. Mimoriadne nápadných bolo aj 50 blotov s vizuálne totožným pozadím.
Čo sú western bloty a prečo sú dôležité
Western blot je bežná laboratórna metóda na detekciu proteínov v zmesi. V princípe ide o postup, pri ktorom protilátka rozpozná hľadaný proteín a „označí“ ho. Ak všetko funguje správne, výsledkom býva jasný pás na očakávanom mieste.
Snímka zobrazuje: This is the western blot from Thermo Fisher’s catalogue that Sholto David spotted with distinctively shaped protein bands. He labelled it to show how.
Keď je protilátka slabá alebo sa viaže aj tam, kde nemá, obraz môže byť nečistý: objaví sa viac pásov alebo rozmazané škvrny. Práve preto firmy v katalógoch zverejňujú podporné dáta. Výskumníci podľa nich posudzujú, či má zmysel konkrétnu protilátku kúpiť pre vlastný experiment.
Všeobecne platí, že obrázky pri takýchto produktoch nie sú len ilustračnou grafikou. Slúžia ako súčasť technickej dokumentácie k výkonu reagencia. Ak boli upravené spôsobom, ktorý mení dojem z výsledku, môže to ovplyvniť rozhodovanie laboratórií.
Prečo to neznamená automaticky chybný produkt
Samotný článok výslovne upozorňuje, že úprava obrázka ešte nedokazuje, že príslušná protilátka je vadná. To je dôležitý rozdiel. Problém sa týka prezentácie dát a ich dôveryhodnosti, nie automatického verdiktu nad každým produktom v katalógu.
Aj medzi odborníkmi zazneli odlišné interpretácie. Jennifer Byrne z University of Sydney povedala, že takéto zistenia môžu do istej miery naznačovať nedostatky samotných reagencií. Carl Laflamme z programu Antibody Characterization through Open Science (YCharOS) naopak nevidí pravdepodobnú priamu súvislosť. Podľa neho kríza spoľahlivosti protilátok existuje už roky a nemožno ju pripísať len zjavne upraveným obrázkom na webe jednej spoločnosti.
Pre čitateľa je podstatné najmä toto: nález nehovorí, že všetky dotknuté protilátky zlyhávajú, ale spochybňuje, nakoľko možno veriť materiálom, ktoré majú ich výkon dokladať. To je problém sám osebe, aj keby časť produktov fungovala dobre.
Rozsah trhu a prečo sa problém týka celej vedy
Trh s protilátkami je obrovský. Podľa článku mal minulý rok hodnotu viac než 250 miliárd amerických dolárov. Stovky firiem spolu predávajú vyše sedem miliónov protilátok a samotný katalóg Thermo Fisher obsahuje viac než 250-tisíc primárnych protilátok.
Pri takomto rozsahu nejde o okrajový technický detail. Protilátky sa používajú naprieč biomedicínou, molekulárnou biológiou aj základným výskumom buniek. Ak výskumníci nakupujú reagenciá na základe nepresvedčivých alebo zavádzajúcich podkladov, dôsledkom môžu byť neúspešné pokusy, horšia reprodukovateľnosť a zbytočné náklady.
Ako všeobecný kontext možno dodať, že otázka reprodukovateľnosti patrí vo vede medzi dlhodobé témy. Kvalita základných laboratórnych nástrojov je pritom jedným z faktorov, ktoré ju ovplyvňujú. Práve preto vyvolalo odhalenie v dodávateľskom katalógu takú silnú odozvu.
Čo ostáva nejasné a čo bude nasledovať
Zatiaľ nie je jasné, ako presne problematické obrázky vznikli, koľkých produktov sa problém v konečnom dôsledku týka a či interné preverenie firmy povedie k širším zmenám v tom, ako sa podobné materiály pripravujú a označujú. Nevieme ani to, do akej miery boli jednotlivé úpravy kozmetické a do akej miery mohli meniť odborný význam zobrazených výsledkov.
Dôležitý bude aj ďalší postup spoločnosti Thermo Fisher. Firma sľúbila internú kontrolu a jasnejšie upozornenie v prípadoch, keď pôvodný obrázok nie je k dispozícii. To môže zlepšiť transparentnosť, ale samo osebe to ešte nerieši širšiu otázku, ako prísne majú dodávatelia validovať svoje produkty a ako majú prezentovať dôkazy o ich výkone.
Celá vec tak zrejme neskončí pri jednej databáze podozrivých obrázkov. Skôr znovu pripomína, že vedecká infraštruktúra nestojí len na veľkých objavoch, ale aj na dôvere v základné nástroje, údaje a technické detaily. Keď sa otrasie táto dôvera, pocíti to celý výskumný reťazec.
Na poskytovanie tých najlepších skúseností používame technológie, ako sú súbory cookie na ukladanie a/alebo prístup k informáciám o zariadení. Súhlas s týmito technológiami nám umožní spracovávať údaje, ako je správanie pri prehliadaní alebo jedinečné ID na tejto stránke. Nesúhlas alebo odvolanie súhlasu môže nepriaznivo ovplyvniť určité vlastnosti a funkcie.
Funkčné
Vždy aktívny
Technické uloženie alebo prístup sú nevyhnutne potrebné na legitímny účel umožnenia použitia konkrétnej služby, ktorú si účastník alebo používateľ výslovne vyžiadal, alebo na jediný účel vykonania prenosu komunikácie cez elektronickú komunikačnú sieť.
Predvoľby
Technické uloženie alebo prístup je potrebný na legitímny účel ukladania preferencií, ktoré si účastník alebo používateľ nepožaduje.
Štatistiky
Technické úložisko alebo prístup, ktorý sa používa výlučne na štatistické účely.Technické úložisko alebo prístup, ktorý sa používa výlučne na anonymné štatistické účely. Bez predvolania, dobrovoľného plnenia zo strany vášho poskytovateľa internetových služieb alebo dodatočných záznamov od tretej strany, informácie uložené alebo získané len na tento účel sa zvyčajne nedajú použiť na vašu identifikáciu.
Marketing
Technické úložisko alebo prístup sú potrebné na vytvorenie používateľských profilov na odosielanie reklamy alebo sledovanie používateľa na webovej stránke alebo na viacerých webových stránkach na podobné marketingové účely.
